Σκοπός της Διεύθυνση Επιχειρηματικής Καινοτομίας και Νέων Τεχνολογιών είναι η ανάπτυξη και ενίσχυση της Βιομηχανικής και Επιχειρηματικής Καινοτομίας στην εθνική οικονομία. Στα πλαίσια αυτά είναι αρμόδια για την επεξεργασία, τη διαμόρφωση και την προώθηση των κατάλληλων πολιτικών επιλογών, που θα συμβάλλουν στην εφαρμογή της καινοτομίας στη βιομηχανία, τη μεταποίηση, τη μικρή και μεσαία επιχείρηση, την οικοτεχνία, αλλά και στις επαγγελματικές δεξιότητες.
Καθορίζει στρατηγικές, ιεραρχεί προτεραιότητες, προωθεί δράσεις και προτείνει μέτρα εφαρμογής της καινοτομίας σε όλα τα πεδία της επιχειρηματικής δραστηριότητας, συμπεριλαμβανομένου, της πράσινης επιχειρηματικότητας, της οικοτεχνίας και της χειροτεχνίας, καθώς επίσης και σε μέτρα που αναδεικνύουν την επιχειρηματική αριστεία.
Οι αρμοδιότητες της Διεύθυνσης υποστηρίζονται από τέσσερα Τμήματα :
α) Τμήμα Σχεδιασμού και Συντονισμού Πολιτικών Καινοτομίας.
β) Τμήμα Νέων Τεχνολογιών και Επιχειρηματικών Εφαρμογών.
γ) Τμήμα Νέων Προϊόντων, Υπηρεσιών και Οικοκαινοτομίας.
δ) Τμήμα Αξιολόγησης & Υποστήριξης Πολιτικών Επιχειρηματικής Καινοτομίας & Επιχειρηματικής Αριστείας